Yo lo que hago es :
_ Primero me hago un proyecto mental de lo que quiero lograr, hacer algo tipo storybook en un papel tampoco está mal.
_ Creo un proyecto en el PtoShop, en donde tengo especial cuidado de determinar que es lo que se moverá para asignarle una capa propia y lo guardo como proyecto (.PSD)
_ Luego guardo las veces que sea necesario en carpeta aparte, en .JPG o .PNG si hay transparencias.
_ Tantas veces como "muevo" o "modifico" una capa, hago un guardado.
_ Luego entro al PtoshopCS ( La utilidad para hacer un GIF animado) e importo la carpeta. Hay una opción en el menú para importar carpeta. Le asigno el intervalo de tiempo, lo que quiero que se vea, le doy mas tiempo ( por ejemplo 1 segundo), la parte con mas "acción", le puedo dar entre 0,1 o 0,15 seg.
_ Cuando está listo le pongo "Guardar optimizado", y lo guardo como Gif.
Aquí un pequeño ejemplo :
