¿Suele ocurrir cuando tienes la grabadora activa? Pregunto lo anterior ya que el diálogo que te aparece está relacionado con el DirectX, pero por lo que sé y he comprobado, este aparece cuando cierras el juego y tenías la grabadora abierta o cuando añades el juego a STEAM y lo cierras. El último suele congelar la pantalla, pero como no has mencionado ningún problema respecto al pop-up, probablemente sea por el fraps o lo que utilices para grabar.
De igual forma si el pop-up que mencionas no provoca ningún inconveniente más allá de aparecer al momento de cerrar el juego, no tienes de que preocuparte.