no tengo mucha idea de como sea en the GIMP, pero por ejemplo en photoshop lo que haces es que seleccionas el area que quieres que sea transparente, la guardas como ya dijeron antes en formato PNG y el en caso de photoshop tiene una opción para decir que "has seleccionado la parte a ser transparente" y ya.
=_=u damn no soy bueno explicando.