Hay un comportamiento en el cliente que causa que al realizar un reset de skills, las habilidades que tienen diversos niveles y ya se encuentran asignadas a la barra de atajos pasan a ser de nivel uno hasta que las vuelvas a asignar. No he revisado si sucede con todas las habilidades, pero probablemente es lo que te sucede.
Prueba asignando nuevamente la habilidad a la barra de atajos. Solamente recuerda subir el nivel de la habilidad antes de asignarla de nuevo.