Yo suelo jugar en modo ventana, pero en full screen no me ha dado problemas que yo sepa, eso que tu dices cuando juegas en modo ventana me ha pasado, pero simplemente hago click fuera del juego, y luego click dentro del juego y ya puedo moverme.
Sobretodo aconsejo que modifiques en propiedades la compatibildiad del setup y el xatiraro up, al menos a mi si no ponía eso no me dejaba modificar las propiedades del setup.
Para cualquier otro problema, Ejectuar como administrador XDDDDD, como odio eso del W7.