Tambien cabe mencionar que si haz actualizado desde otro sistema operativo encontraras carpetas como "mis documentos, my pictures" no accesibles debido a la asociación de los archivos del usuario. Destacando tambien la funcionalidad de bibliotecas es distinta a la de carpetas ya que la primera solo es un acceso directo a tus carpetas preferidas. Sobre el virus que refieren no es unico de windows, es mas bien comun de las memorias y dispositivos de almacenamiento externo, ellas generan en la raiz de la unidad un archivo autorun.ini, una carpeta recycle$ dentro de ella una carpeta contenedora de la infección o en su caso archivos con extensión, .bat, .exe, provocando que las carpetas cambien sus propiedades a ocultas, generando archivos .exe como si se tratara de copias de tus carpetas. Cuando las abres estas te accesan a tu carpeta, pero ademas infectan el resto del equipo. Solución para esto descarga el amvo remover, especialmente uno de geekside, algo asi se llama el sitio, y ejecutalo preferentemente en modo a prueba de fallos. Esto resolvera la mayoria del os problemas, en seguida una pasada con un antivirus y listo. Aunque dudo sea este tu caso.
P.D. en win7 mis documentos esta en "\user"