Si instalas un servidor que toca muchos archivos del RO toca instalar todo de nuevo.
Lo más recomendable es instalar una vez el RO + Sakray y una vez instalado y actualizado hacer una copia de la carpeta para cada servidor que quieras jugar, así te evitas superposiciones.
Si querés ahorrar un poco de espacio juga solamente con Sakray y los dll del RO (Raglite) e instalas eso en tantas carpetas como servidores vayas a usar.